Scheffler, de Players Championship-winnaar van dit jaar, begon de dag op 10-onder par op East Lake in Atlanta met een voorsprong van twee slagen op de Noor Viktor Hovland dankzij de gespreide puntentelling op basis van seizoenpuntentotalen.
Maar de Amerikaan werd ten val gebracht door een drievoudige bogey op de par-3 15e, waarbij hij water vond vanaf de tee en drie putts nodig had om te finishen, terwijl zijn seizoensvoorsprong verdween nadat hij 71 punten had gehaald.
Morikawa, die 1-onder begon en negen punten achter Scheffler lag, sloeg de laagste eerste ronde in de geschiedenis van het Tour Championship met zeven birdies en een eagle op een bogey-vrije dag. "Ik heb me uit de naad gewerkt. Ik heb daar veel te veel tijd doorgebracht," zei Morikawa. "Maar ik heb wat dingen uitgedokterd. Het is natuurlijk leuk om te zien."
De 61 was Morikawa's laagste ronde op de PGA Tour, één onder zijn laatste ronde op het Tournament of Champions van vorig jaar en één onder het baanrecord van 60 dat Zach Johnson in 2007 aflegde.
Scheffler's vechtlust en McIlroy's worsteling
Door het vreemde scoresysteem stond Morikawa op 10-onder en deelde de leiding met mede-Amerikaan Keegan Bradley, die opende met een 63, en Hovland, die 68 schoot, met Scheffler als vierde op 9-onder na 71 te hebben geslagen.
"Ik ben behoorlijk gefrustreerd over hoe ik gespeeld heb," zei Scheffler. "Ik denk dat het een beetje een zegen is om een vrij slechte dag te hebben en nog steeds in het toernooi te zitten. Dus ga er morgen heen en blijf vechten."
Titelverdediger McIlroy, de nummer twee van de wereld en viervoudig majorwinnaar uit Noord-Ierland, worstelde zich door rugpijn met een 70 en eindigde op drie punten van het tempo, precies waar hij de dag begon.
McIlroy liep de blessure op toen hij dinsdag thuis aan het trainen was en had niet geoefend voor zijn ronde. "Mijn hele onderrug verkrampte, verkrampte. Ik kon me niet bewegen," zei McIlroy. "Ik kon gisteren eerlijk gezegd de bal niet adresseren. Dus om te komen waar ik vandaag ben, is goed."
McIlroy was 2-over op de dag na 11 holes en acht op achterstand, maar hij maakte drie birdies in vier holes en met Schefflers fade kon zelfs een afsluitende bogey zijn terugslag niet verminderen.
"Ik hield vol en ik had het gevoel dat als ik vandaag door kon komen, het beter was dan gisteren, hopelijk is het morgen beter dan vandaag, en probeer gewoon vooruit te blijven gaan," zei McIlroy.
Morikawa heel tevreden
De strijd tussen 30 spelers voor een FedEx Cup seizoen punten playoff hoofdprijs van $18 miljoen werd erg spannend met Morikawa die de show stal.
"Je moet je voet op het pedaal houden," zei Morikawa. "Dit is niet voor niets het einde van ons seizoen. Hoewel ik vandaag een geweldige ronde had, wil ik dat de komende tijd blijven doen.
"Ik ben al een hele tijd niet meer zo pin-hoog geweest met mijn ijzers. Dat is een teken van controle. En dan een paar putts kunnen maken. Ik liet er nog steeds een paar liggen, maar ik ga helemaal niet klagen. Ik ben heel, heel tevreden met deze ronde."
Bradley: 'Eén van die dagen'
Keegan Bradley, die zeven holes van de leiding begon, was ook blij na birdies op drie van de laatste vier holes om een bogey-vrije ronde af te sluiten.
"Het was een van die dagen waarop alles goed ging," zei Bradley. "Ik maakte een heleboel putts, ik sloeg de bal geweldig en toen ik een paar slagen miste, sloeg ik ze op geweldige plekken en kreeg ze omhoog en erin."
Bradley zei dat het cruciaal was om vroeg in actie te komen om zijn achterstand snel goed te maken. "Het was zo belangrijk," zei hij. "Als je hier bent, wordt alles een soort van versterkt, dus ik ben trots."
Morikawa, wiens laatste overwinning terugdateert naar het 2021 DP World Tour Championship in Dubai, sloeg een birdie putt op twee meter op de eerste, een 7 meter lange birdie putt op de vijfde en eagled op de par-5 zesde nadat hij zijn tweede shot binnen vier voet van de hole liet vallen.
Hij voegde er een ruim 3 meter lange birdie putt aan toe op 10, een 10-meter birdie putt op de 12e, een birdie putt van 10 meter op 16, een bijna 4 meter lange birdie putt op de 17e en een birdie putt van een kleine 2 meter op 18.