Verstappen, die twee weken geleden de race in Australië niet uit kon rijden, raasde in droge omstandigheden over het circuit van Suzuka in 1min 29,563sec -- 0,269sec sneller dan Perez.
Alle coureurs gingen naar buiten nadat de tweede training op vrijdag was verpest door een regenbui. George Russell was de derde snelste met een tijd van 1min 29.918, voor Mercedes-teamgenoot Lewis Hamilton. Fernando Alonso van Aston Martin was vijfde en Lando Norris van McLaren -- tweede in de race van vorig jaar achter Verstappen -- was zesde. Carlos Sainz, die in Melbourne won, was zevende in zijn Ferrari.
Verstappen won de eerste twee grands prix van dit seizoen, maar had een DNF in Melbourne wegens een remprobleem. Hij kwam niet opdagen voor de natte tweede training op Suzuka op vrijdag, maar was als eerste op de baan voor de laatste sessie in beter weer.
Kevin Magnussen van Haas slipte al vroeg van de baan, maar kon zijn ronde hervatten. RB's Daniel Ricciardo kreeg ook een tegenslag te verwerken toen hij een bocht verkeerd inschatte en op het gras spinde. Williams-coureur Logan Sargeant kwam weer in actie na zijn crash in de eerste training op vrijdag en het uitvallen van de tweede sessie, maar de Amerikaan was nog steeds niet blij en vertelde zijn team over de radio dat hij "geen steun achter had, nul".